Pueden ser por causa hipotalámica, hipofisaria, ovárica o debida a alteraciones de genitales internos. Se llama amenorrea primaria a la falta de regla a la edad de 16 años (o antes, a los 14 años en aquellas niñas que no tienen ningún indicio de inicio puberal) y amenorrea secundaria la ausencia de menstruación por más de 90 días en aquella mujer que al menos tuvo una menstruación espontánea en su vida. La falla puede estar en el hipotálamo (con en el síndrome de Kallman, ya descrito), en la hipófisis (tumores hipofisarios, aumento de prolactina, hipopituitarismo), en los ovarios (desaparición anticipada de los folículos ováricos (como en el síndrome de Turner o la falla ovárica prematura) o en los genitales internos (ausencia de útero, falla en el canal vaginal). La amenorrea secundaria puede compartir casi todas las etiologías de la amenorrea primaria, excepto que por haber tenido una menstruación espontanea se puede deducir que el útero y la vagina están presentes. El estudio hormonal es mas sofisticado y el tratamiento depende de la causa.